Pada tahun 1983 Kuntoro dipindahkan ke kantor Sekretaris Negara menjadi Staf Ahli Menteri Muda UP3DN Ginanjar Kartasasmita dan menjadi Pembantu Asisten Administrasi Menteri Sekretaris Negara RI Safaruddin Husada, 1984.
Lima tahun kemudian (1988) dia diangkat menjabat Direktur Utama PT Tambang Batubara Bukit Asam, Tanjung Enim, Palembang. Setelah itu, Kuntoro diangkat menjadi Direktur Utama PT. Tambang Timah (TT), pada Desember 1989 sampai 1994.
Kemudian ia dipercaya menjabat Dirjen Pertambangan Umum Departemen Pertambangan dan Energi (1993) dan pada tahun 1998.
Lalu, Presiden ke-2 Soeharto mengangkatnya menjadi Menteri Pertambangan dan Energi. Setelah tidak menjabat menteri, Kuntoro mengabdikan diri sebagai Ketua ITB School of Business (2001).
